現代液相色譜分析中，色譜柱的選擇直接影響了分離效果的好壞，選擇合適的色譜柱可以縮短方法開發所需的時間，并且使方法更具穩定性。但是現在市場上色譜柱種類繁多，不同類型的色譜柱分離對象不同，因此，要做合適的選擇，必須對此有一定的認識和了解。
　　
　　液相色譜柱根據功能分為HPLC和UHPLC、UPLC柱，根據內徑大小又有常規分析柱，窄徑柱和毛細管柱的類型區別，其中應用廣泛的液質聯用儀就是用的窄徑柱。因為分析類的儀器主要致力于對樣品成分的判斷，就需要能夠準確分離少量樣品的內徑較小的色譜柱。而內徑孔大的色譜柱用于進樣量大的成品純化和分離。
　　
　　液相色譜柱尺寸選擇：
　　
　　較長的液相色譜柱組分保留較強，運行時間較長，柱效更高，分離度效果更好。在實際工作中應綜合衡量運行時間和柱效，選擇長度適宜的色譜柱。例如含量測定、溶出檢測對于分離的要求較低，可選用較短的液相色譜柱，減少運行時間；有關物質一般選擇較長的色譜柱，提高分離效果。
　　
　　內徑小的色譜柱靈敏度較高，峰型更窄，但是載樣量較小。如果載樣量滿足要求，需要更高更尖銳的峰提高靈敏度，可以選擇更小內徑。但是如果進樣量超過了柱載樣量，色譜峰將極大變寬。所以應在靈敏度和載樣量之間綜合衡量。
　　
　　粒徑小的色譜柱分離度較好，色譜柱壓力更大。如果5μm粒徑的色譜柱分離度稍有不足，則同型號3μm色譜柱的分離度一般會提供令人滿意的選擇性。
　　
　　如果選擇較小尺寸的液相色譜柱，應衡量柱外死體積對柱效的影響，柱外死體積包括連接管線、進樣體積、色譜柱接頭與色譜柱連接處的空隙等。所以一般超液相使用的色譜柱不適用于常規液相儀。小規格色譜柱使用同一品牌的儀器，減少連接處空隙引入的死體積。